陳念生被捕后，經(jīng)過半個月的審訊，在敵人多次威脅、恐嚇、利誘下，僅承認(rèn)自己同情共產(chǎn)黨，堅決否認(rèn)參加過地下黨，沒有任何悔過、屈辱、反叛和出賣同志的行為，保護了黨的組織和地下黨員。

在此期間，地下黨采取了通過五通、打古社會名流、民主人士及民眾多方連保的措施。再加上陳念生的父親陳丙文是五通的知名人士、袍哥老大，他聽到這個消息后，十分著急上下打點，為營救家里的這個獨子，還聯(lián)系在合江縣府等部門任職并有一定家產(chǎn)的幾個叔叔都用錢財疏通關(guān)系，想辦法營救陳念生。此時，陳念生心里也特別清楚，心想如果能利用這次機會打入國民黨縣黨部，掌握收集敵人的情報，不但能更好地打擊敵人，還能設(shè)法營救自己的同志。主意拿定后，陳念生從容應(yīng)付敵人的審查，與敵人周旋。他在指定閱讀的“總裁言論集”等書籍后，按照敵人布置而寫的“讀書筆記”中，有“三民主義合國情，共產(chǎn)黨不合國情，三民主義是救國主義，國民黨是救國黨”的文字,還被敵人有意選登在《合江民報》上。在這樣的情況下，敵人逐步消除了對陳念生的懷疑。陳念生也趁機參加了國民黨縣黨部的特務(wù)調(diào)查組，給地下黨作臥底。

一九四二年春節(jié)后的一天，陳念生正在縣黨部特務(wù)調(diào)查組值班。有線人報告說五通的馮劍魂、黃君儒二人，活動頻繁，有“共黨嫌疑”，應(yīng)立即抓來合江審查。陳念生當(dāng)然也知道馮、黃二人都是五通地下黨的骨干，于是便主動要求到五通通知馮劍魂、黃君儒兩名“共黨嫌疑”到縣黨部審查的任務(wù)。陳念生到五通后，即將合江偽縣黨部己注意五通的地下黨活動，和他這次到五通的來意分別告知馮、黃兩人，要他們立即停止活動，連夜轉(zhuǎn)移。第二天發(fā)返回合江后以馮、黃二人“去向不明”向敵人報告，及時保護了地下黨的同志。同時也取得敵人信任。

同年三月十六日，陳念生被敵人放回原籍五通。爾后，他周旋于地下黨和國民黨之間，依靠在縣黨部特務(wù)組當(dāng)差的身份作掩護，往返在五通、合江、赤水之間積極有效為地下黨作隱秘工作。

在此期間，陳念生還營救過以“異黨嫌疑”罪入獄的地下黨員陳智出獄。

一九四三年上半年，陳念生因事到合江，縣黨部書記長劉家明問及孫映腺、鄧英兩名非黨進(jìn)步人士有否政治活動時，陳念生為保護他們，把兩人說為政治思想及生活上都很腐化，進(jìn)而消除了敵人對孫、鄧兩人的懷疑。

一九四四年十一月，陳念生被指派去成都參加四川省黨務(wù)班受訓(xùn)兩月，回到合江，他按照劉家明的旨意，組建了組訓(xùn)所。

省立二中李濟航等三人平時在學(xué)校的言行，縣黨部的敵特認(rèn)為有親共之嫌。陳念生得到消息后，為消除敵特的懷疑，動員他們參加了國民黨。陳念生因此進(jìn)一步得到劉家明的信任，為他的臥底工作打下了基礎(chǔ)。

一九四五年二月，陳念生遵照劉家明的安排，在任國民黨縣黨部組訓(xùn)干事期間，舉辦了為期7天的偽區(qū)分部人員以上的培訓(xùn)班，把以前70多個區(qū)分部調(diào)整為120多個區(qū)分部。在培訓(xùn)的時候，陳念生通過報到冊名單和實際接觸了解，將其中同情共產(chǎn)黨，有進(jìn)步傾向的保甲長推薦給地下黨組織，逐步培養(yǎng)他們參加地下黨組織。事后，陳念生還偷偷將國民黨合江縣黨部及120多個區(qū)分部幾百個偽職人員名單抄寫一份送交給地下黨掌握。

培訓(xùn)班結(jié)束后，劉家明非常高興，更將陳念生視為“心腹”。陳念生借此機會與民主人士和社會各界代表人士接觸，趁機宣傳黨的統(tǒng)一戰(zhàn)線和黨的方針政策。由于他說話風(fēng)趣，經(jīng)常引經(jīng)據(jù)典，很具說服力，且平易近人，深受各界人士的器重和支持。因此，在合江、赤水一帶涌現(xiàn)出一批支持地下黨工作，靠進(jìn)地下黨組織的積極分子。

同年，陳念生被劉家明指定代理社宣干事兩月，并經(jīng)劉介紹參加四川通訊社為通訊員。后來，陳念生因劉家明縣黨部書記長的職務(wù)落選而辭去縣黨部的職務(wù)，到合江電燈公司任過業(yè)務(wù)主任，五通鄉(xiāng)民代表主席。

一九四六年春，陳念生在五通積極參加地下黨領(lǐng)導(dǎo)的分化哥老會，打擊“捧紅吃黑”的惡習(xí)。同年，陳念生在發(fā)動“反饑餓，爭溫飽”斗爭，帶頭向縣偽議會請愿，通過斗爭后發(fā)足了教師的米貼；陳念生還公開檢舉九支區(qū)教育貪官林上達(dá)貪污瀆職，并在《合江民報》上揭露其事實。陳念生所作所為結(jié)怨得罪了地方反動勢力的后臺，為此給陳念生扣上“異黨復(fù)活”的帽子，直接威脅陳念生的安全，而被迫辭去鄉(xiāng)民代表主席的職務(wù)，在友人張?zhí)┥p(合江中學(xué)教師)的幫助下，離開合江。

一九四七年春，陳念生隱避在瀘縣羅漢場、南城鎮(zhèn)任教，積極尋找地下黨組織未果。期間獲悉合江當(dāng)局函請瀘縣當(dāng)局注意陳念生活動的消息，只好離開瀘縣。

一九四八年夏季，陳念生逃在重慶“正和紗號”供職會計。他一面研習(xí)關(guān)注時政，不斷了解黨當(dāng)時的方針政策；一面暗中與在江安暴露，逃來重慶在市立師范任教的地下黨員何作舟聯(lián)系，仍然千方百計，積極尋找組織并參與當(dāng)?shù)氐叵曼h的活動。

此時，反內(nèi)戰(zhàn)、反饑餓、反壓迫運動席卷全國，隨著“勘亂”壓力而日益高漲，陳念生利用業(yè)務(wù)上的便利，通過同鄉(xiāng)同學(xué)黃應(yīng)朝(當(dāng)時相輝學(xué)院的黨外積極分子，后在重慶市寸灘區(qū)署工作)關(guān)系，參加重慶北碚相輝學(xué)院的策反活動。陳念生負(fù)責(zé)聯(lián)絡(luò)和掩護積極分子鼓動學(xué)潮，工作收到很好的效果。但第二次進(jìn)校時被特務(wù)跟蹤而暴露。在傳可舫(當(dāng)時在白碚工作)的幫助下，離開重慶秘密返回瀘縣，在小市第二中心校任教。

一九四九年十二月，赤水、合江迎來了解放。

 解放后，陳念生隨同中共地下黨的領(lǐng)導(dǎo)張躍龍到赤水，他服從黨組織的安排仍然到學(xué)校去教書。并與李代泉、方澤民、袁沉穎、李濟航這些知名人士在一起共事。由于他學(xué)識淵愽、談吐高雅風(fēng)趣，組織能力和協(xié)調(diào)能力強，深得學(xué)校校長和老師們的好評，學(xué)生及家長的愛戴。