平播之役中，“土司一旅之師，不啻背上之毛，腹面下之毳”，而朝廷“此一番勞大費(fèi)，止為土司營(yíng)家事乎？”永寧、水西與播州之界“今若不查明，將來(lái)未免多事。”因此，李化龍要求以后建立的播州府要會(huì)同相鄰府縣，共同“清查一切相鄰地方，如原系播州者，歸之播州，原系永寧、水西者，歸之奢、安二氏，刻石立碑，永為遵守。”同時(shí)，李化龍強(qiáng)調(diào)：“其鄰邊把目，如不安分義，妄肆侵爭(zhēng)，重行究治；干礙土官，一并參處”，并告誡：“今復(fù)茍且遷就，誨爭(zhēng)養(yǎng)亂，非地方之利，亦非土司之福也。”在播州“改土歸流”中，李化龍《疏》中的“播州府”改作“遵義軍民府”。同時(shí)，按照過(guò)去播州黃冊(cè)所標(biāo)注與永寧宣撫司的界也重新勘定，被永寧土司奢氏在隆慶年間侵占的赤水河西岸大片播州領(lǐng)地——儒溪長(zhǎng)官司等地，也劃歸遵義軍民府管轄，新的仁懷縣地域最后敲定，主要包括原播州的仁懷里、上赤水里、下赤水里、小溪里、吼灘里、丁山里和陶洪村、安村、羅村、茅臺(tái)村及李博埡、緝麻山、儒溪長(zhǎng)官司等地。因此，道光《遵義府志》說(shuō)：“以播州司所屬仁懷里及別領(lǐng)長(zhǎng)官地置仁懷縣。”此時(shí)仁懷縣地域大致包括今天的赤水市、習(xí)水縣全部和仁懷市大部，插入永寧宣撫司與合江縣之間。按《遵義府志》記載，萬(wàn)歷四十年（1612年），遵義知府孫敏政主持所纂的《遵義軍民府志》載，仁懷縣所轄為6里，即仁懷里、赤水里、丁溪里、郎城里、安羅里、李博里，以后到清康熙二十四年（1685年），遵義知府陳瑄主持修纂《遵義軍民府》時(shí)，仁懷縣6里變?yōu)?/span>10里，多了吼灘里、河西里，丁溪里分為丁山、小溪2里，郎城分為二郎、土城2里。從當(dāng)時(shí)情況看，平播之后各地民眾流散，仁懷縣地廣人稀，設(shè)立6里之說(shuō)可信，而長(zhǎng)期以來(lái)認(rèn)為明仁懷縣設(shè)縣之初就轄10里之說(shuō)值得懷疑。正是有此原因，仁懷縣首任知縣、原宜賓縣丞曹一科在選縣城時(shí)，將其選在仁懷縣的極北之邊，縣城往北為合江縣地，隔赤水河就已無(wú)仁懷縣可插針之地。當(dāng)然這與上赤水里、儒溪長(zhǎng)官司的袁氏土司因“改土歸流”后權(quán)力喪失，為發(fā)泄心中之恨，在曹一科選土城作為仁懷縣城時(shí)，買通陰陽(yáng)先生從中作梗有關(guān)，但也是當(dāng)時(shí)仁懷縣地曠人稀的實(shí)情寫照，也就埋下清雍正年間新建仁懷縣城的伏筆。

隨著遵義府與仁懷等縣的設(shè)立，播州“改土歸流”宣告完成，曾帶土兵積極參與平播的永寧宣撫使奢世續(xù)成為繼播州楊應(yīng)龍之后的又一大輸家。平播一開(kāi)始，永寧宣撫司土司奢世續(xù)希望通過(guò)參與平播，借助明王朝的軍事力量，除掉身邊強(qiáng)大的播州楊氏土司，以達(dá)到恢復(fù)藺州過(guò)去的地盤。但事與愿違，平播一結(jié)束，李化龍就針對(duì)永寧提出對(duì)播州領(lǐng)土的要求，采取“正疆域”之策，重新劃定永寧宣撫司與播州之界，使奢氏在隆慶年間乘楊氏兄弟內(nèi)訌時(shí)蠶食的播州領(lǐng)地喪失殆盡，赤水河西岸大片土地劃入仁懷縣版圖，儒溪長(zhǎng)官司的子民成為明王朝臣民，也失去了以赤水河作為防御的天然屏障。面對(duì)仍然強(qiáng)大的明王朝，永寧奢氏只能把喪權(quán)失土之恨埋藏在心底，暗中蓄積力量，以期東山再起，最終于天啟元年（1621年）爆發(fā)奢崇明的反明之戰(zhàn)。赤水河中下流的仁懷縣首當(dāng)其沖，從此，仁懷縣陷入漫長(zhǎng)的戰(zhàn)亂，喪失權(quán)力的土司，或站明王朝一邊抗擊奢崇明，或依附奢崇明，或避難遠(yuǎn)遷他鄉(xiāng)，或入深山老林躲藏。經(jīng)過(guò)明末天啟元年（1621年）至清康熙十九年（1680年）長(zhǎng)達(dá)60年的戰(zhàn)亂、瘟疫和災(zāi)荒之后，生活在赤水河中下流的人口銳減，《仁懷直隸廳》記：“國(guó)初，城內(nèi)不及百家”“是時(shí)，兵燹甫定，百姓凋敝，野多虎傷人”�，F(xiàn)在生活這里的人90%以上是隨“湖廣填川”大移民浪潮而來(lái)。