元末，全國(guó)各地起義風(fēng)起云涌，元朝統(tǒng)治政權(quán)已入垂暮之年，至正二十二年（1362），明玉珍率起義軍占領(lǐng)四川，并自立皇帝，建國(guó)號(hào)“大夏”，作為四川行省轄內(nèi)的土司政權(quán)播州宣撫司已難脫此劫，仁懷古滋等處的治所老仁懷毀于戰(zhàn)火，袁、王二姓長(zhǎng)官也被大夏政權(quán)的懷陽(yáng)知縣代替。明洪武四年（1371）年，湯和、傅友德率軍入川，滅掉大夏政權(quán)。次年，播州宣撫司長(zhǎng)官楊鏘正式歸順明王朝。為加強(qiáng)對(duì)播州土司政權(quán)的管轄，一改過(guò)去對(duì)土司不納田賦的政策，明王朝在播州采取“田稅隨所出入，不必以額”的征收辦法；地方行政機(jī)構(gòu)設(shè)立，除保留重安、草塘、余慶等6大長(zhǎng)官司外，將元朝設(shè)立的等處按明制分設(shè)為里甲，共設(shè)里54個(gè)。原仁懷古滋等處分設(shè)為仁懷里、上赤水里、下赤水里（又稱龍門里），仁懷里長(zhǎng)官由王氏土司出任，上赤水里、下赤水里長(zhǎng)官分別由袁氏土司兄弟袁紹祖（字簡(jiǎn)臺(tái)）和袁紹鑒擔(dān)任。其三里轄地，大致范圍是1965年行政區(qū)劃調(diào)整前的赤水縣全部和習(xí)水縣的長(zhǎng)沙、官渡、石堡、程寨、太平、東皇等地。由于老仁懷毀于戰(zhàn)火，王氏土司將仁懷里治所遷往大夏政權(quán)建懷陽(yáng)縣的留元壩（編者注：“犁轅壩”之訛）（今赤水市城區(qū)），上赤水里治所設(shè)土城，下赤水里設(shè)大漁灣（今赤水市官渡鎮(zhèn)魚(yú)灣）。
由于仁懷里、下赤水里界連川南合江縣，邊界犬牙交錯(cuò)，又有赤水河通往長(zhǎng)江，從合江上可達(dá)瀘州、敘府（今宜賓），下可達(dá)重慶、涪陵，更遠(yuǎn)可出川到湖廣。因此，其民情風(fēng)俗多受巴蜀影響。文化的不斷滲透，帶來(lái)社會(huì)經(jīng)濟(jì)的變革與進(jìn)步。同時(shí)，也讓赤水河中下游的土司們逐漸明白，在強(qiáng)大的中央專制集權(quán)面前，自己的勢(shì)力是那樣的弱小，即便傾全播州之力與明王朝作對(duì)，也只是蚍蜉撼樹(shù)，最終落個(gè)以卵擊石的可悲下場(chǎng)。因此，在對(duì)明王朝的認(rèn)識(shí)上，他們又比播州內(nèi)地其他里的土司長(zhǎng)官更進(jìn)一步，在處理邊民邊界糾紛時(shí)更現(xiàn)實(shí)而有節(jié)制，少了許多蠻橫與浮躁。
明成化十一年（1475年），播州宣慰司在宣慰使繼承問(wèn)題上出現(xiàn)嫡庶之爭(zhēng)，宣慰使楊輝的兩個(gè)兒子楊友與楊愛(ài)間內(nèi)訌。成化十三年（1477年），在播州宣慰司另置安寧宣撫司，以楊愛(ài)為播州宣慰使，楊友為安寧宣撫使。成化十九年（1483年），楊輝死，播州內(nèi)亂更為激烈，并延續(xù)至嘉靖年間（1522年至1566年）才逐漸平息。楊氏兄弟鬩墻，致使播州實(shí)力大損，周邊的水西、永寧等土司，乘播州楊氏無(wú)暇顧及沿邊領(lǐng)地之時(shí)，公開(kāi)侵吞播州領(lǐng)地和脅迫播州邊地的土司長(zhǎng)官歸順，播州轄地儒溪、沙溪、水煙、天旺、緝麻山、李博埡、仁懷、石寶、甕平等相繼為水西、永安分別占據(jù)。永寧宣撫司奢氏占領(lǐng)赤水河中下游的仁懷、上下赤水里后，以王、袁二姓分建仁懷長(zhǎng)官司和儒溪長(zhǎng)官司于留元壩（編者注：“犁轅壩”之訛）和土城。后儒溪長(zhǎng)官司袁氏為徹底擺脫播州統(tǒng)治，將儒溪長(zhǎng)官司治所遷往赤水河西岸儒溪，并在此刻下永寧宣撫司儒溪長(zhǎng)官司字樣，以示歸附永寧。隆慶六年（1572年），楊應(yīng)龍承襲播州宣慰使，此時(shí)播州內(nèi)亂已平，播州開(kāi)始恢復(fù)元?dú)猓窒嗬^從水西、永寧手中奪回一些失地，赤水河以東重歸播州版圖。仁懷長(zhǎng)官司、儒溪長(zhǎng)官司不為楊應(yīng)龍承認(rèn)，原仁懷里、上下赤水里重新恢復(fù)，為保持邊地安穩(wěn)，楊應(yīng)龍仍然任王、袁二姓土司為三里長(zhǎng)官。此時(shí)，上赤水里與儒溪長(zhǎng)官司隔河而望，仁懷里與合江縣以河為鄰，赤水河成為播州與永寧宣撫司、合江縣的界河。
隨著播州宣慰使楊應(yīng)龍多次率播州兵出外征戰(zhàn)立下戰(zhàn)功和進(jìn)貢上好大木（楠木），得到萬(wàn)歷皇帝神宗嘉獎(jiǎng)，被授予飛魚(yú)服和授以都指揮使銜，播州在楊應(yīng)龍治理下，逐漸強(qiáng)大起來(lái)，楊應(yīng)龍開(kāi)始恃功坐大，提出要恢復(fù)播州故業(yè)，將一些早已為中央政權(quán)管轄的合江、江津、綦江、南川等地作為恢復(fù)故業(yè)的目標(biāo)，公開(kāi)起兵向明王朝發(fā)難。
萬(wàn)歷二十三年（1594年），明南京兵部侍郎邢玠征討播州。楊應(yīng)龍自縛前往松坎叩請(qǐng)死罪，并將其次子楊可棟帶到重慶作人質(zhì)。萬(wàn)歷二十七年（1599年），楊應(yīng)龍開(kāi)始他收復(fù)播州故業(yè)的行動(dòng)。明王朝對(duì)楊應(yīng)龍攻占綦江、出兵南川的行為極為憤恨，令李化龍為平播總督，調(diào)八路兵馬進(jìn)剿播州。萬(wàn)歷二十八年（1600年）二月，李化龍?jiān)谥貞c，以八路大軍之眾圍剿楊應(yīng)龍的平播之戰(zhàn)開(kāi)始，于萬(wàn)歷二十九年（1601年）六月初六日以海龍囤被攻占結(jié)束，楊氏土司播州八百年統(tǒng)治迅速土崩瓦解，播州完成改土歸流，赤水河中下游袁、王二姓的土司統(tǒng)治亦宣告結(jié)束。
為了對(duì)播州實(shí)行徹底的“改土歸流”，進(jìn)一步加強(qiáng)明王朝對(duì)西南少數(shù)民族地區(qū)土司的統(tǒng)治與管理，斷絕永寧、水西等土司對(duì)播州故地覬覦，逐步達(dá)到限制和削弱其勢(shì)力的發(fā)展。李化龍?jiān)诓ブ?/span>“改土歸流”的重要決策——《播州善后事宜疏》（簡(jiǎn)稱《疏》）中提出，把原播州宣慰司領(lǐng)地劃分為兩部分，以外江六司設(shè)立一府，劃歸貴州行省管轄，以五十四里地設(shè)一府，由四川行省繼續(xù)管領(lǐng)。隸貴州者，設(shè)府黃平，下設(shè)四縣；隸四川省，設(shè)府白田壩，下領(lǐng)一州四縣，并對(duì)所設(shè)一州八縣的理由作了解釋，其中仁懷縣設(shè)立是“仁懷濱播枕永，襟合帶瀘，為懷陽(yáng)縣故地，當(dāng)復(fù)一縣。”并以仁懷里的“仁懷”為新縣名！妒琛诽岢觯“郡縣既設(shè)，必有城垣，所以明保障，防不虞也……城并宜石，石少者以磚代。……大約城垣以二十九年二月內(nèi)起工，限年終落成”。同時(shí)，李化龍為避免以后的仁懷新縣與永寧宣撫司發(fā)生疆界紛爭(zhēng)，還在《疏》中專門制定用“正疆域”以免后患的措施，指出：播州“西南左接水西，右逼永寧，雖犬牙相讒，未能齊一，然，畫(huà)野分疆，亦自有相沿界至。”土司之間的此消彼長(zhǎng)，使得各自相鄰之界的土地，先后以相鄰的兩土司所占有，那一地區(qū)的民眾不得不成為兩土司之臣民，赤水河中游的仁懷里、上下赤水里原為播州宣慰司之地，后又因楊氏中衰，變成永寧宣撫司下的仁懷長(zhǎng)官司和儒溪長(zhǎng)官司，楊應(yīng)龍繼任播州宣慰使也僅收回赤水河?xùn)|岸之地，西岸仍為永寧宣撫司旗下的長(zhǎng)官司。李化龍?jiān)凇妒琛分袑懙溃?/span>“今既改土歸流，自宜各復(fù)其地，尚可混行爭(zhēng)占乎？”并認(rèn)為永寧宣撫使奢世緒和水西安撫史安疆臣提出瓜分播州之地，是自以為他們?cè)?jīng)帶領(lǐng)所部土兵參與平播有功，李化龍?jiān)凇妒琛分姓f(shuō)：
